Shkëndija është më shumë se një klub futbolli dhe skuadra nuk nënkupton vetëm ekipin e parë. Rreth 300 të rinjë në 12-të kategori të ndryshme ushtrojnë në shkollën e futbollit Shkëndija, ku nën mbikqyrjen e stafit profesional dhe trajnerëve me kualifikime përkatëse po zhvillohen si futbollistë. Duke filluar nga gjenerata U 9, fëmijë të moshës deri 9 vjeç që fillojnë të zbulojnë fshehtësitë e para të këtij sporti magjik, kalohet përmes gjithë gjeneratave pasardhëse deri në U 19 te skuadra e juniorëve që është ‘filtеr’ i fundit para dyerve të ekipit të parë. Shkëndija me program të veçantë enkas për kategoritë e reja dhe me plan të përgatitur për çdo moshë kujdeset për shkollën e futbollit, e cila llogaritet po aq e rëndësishme si ekipi parë. Për më shumë, plani afatgjatë i skuadrës është që paralel me përforcimin e ekipit me lojtarë cilësorë, në të njëjtën kohë përmes punës profesionale me grupmoshat e reja, pikërisht nga shkolla jonë e futbollit të nxiren talenta të rinj që një ditë jo vetëm që do të jenë pjesë e rëndësishme e ekipit të parë të Shkëndijës, por edhe do të mund të plasohen në klube më me renome jashta vendit.